Durante los últimos años, el mencionado navío de la marina de guerra estadounidense había sido convertido en prisión secreta flotante, como denunció el diario The Guardian.
Originalmente concebidas para el transporte de tropas de desembarco, sus bodegas de fondo plano fueron remodeladas con la instalación de jaulas y los detenidos en ese navío son sometidos a los mismos experimentos que en la base naval estadounidense de Guantánamo.
Después de haber negado durante mucho tiempo esa realidad, el Pentágono acabó por admitir que el USS Bataan fue efectivamente utilizado como cárcel flotante en diciembre de 2001, agregando que había vuelto a su uso normal desde enero de 2002. Sin embargo, numerosos especialistas desmienten esas declaraciones y estiman que el USS Bataan sigue siendo utilizado actualmente como prisión fuera de las fronteras estadounidenses.